A 75 éves Müller-Wohlfahrt 1977-ben kezdett dolgozni a klubnál. Először 2008-ban ment el, miután összeveszett Jürgen Klinsmann vezetőedzővel. Amikor Jupp Heynckest nevezték ki a csapat élére, a doktor visszatért, majd 2015 áprilisában ismét távozott, mert az akkori tréner, Josep Guardiola őt hibáztatta számos játékos sérülése miatt, és közölte, hogy elfogyott a bizalma iránta.
Szeptember végén Heynckes negyedik alkalommal vette át a Bayern irányítását, Müller-Wohlfahrt pedig Volker Braun utódjaként ismét megkapta az orvosi stáb vezetését.