A 25 éves hátvéd a Valenciában nevelkedett, majd 2014-ben igazolt a Bayern Münchenhez, amelyben négyszeres Bundesliga- és egyszeres Német Kupa-győztes lett. A bajor klub színeiben összesen 111 tétmérkőzésen lépett pályára, a 2017–2018-as idényben azonban csak tizenkét találkozón jutott szóhoz.
A PSG Yuri Berchiche eladása és Layvin Kurzawa sérülése után került szorult helyzetbe a bal oldali hátvéd posztján, így a keretükben egyedül az akadémisták közül frissen felkerülő Stanley N’Soki állt rendelkezésre.
Bernat három évre, 2021 nyaráig írt alá a francia bajnoknál. Az átigazolási összeget egyik fél sem hozta nyilvánosságra.