A portugál védő 2017 nyarán érkezett a csapathoz, kétéves szerződést írt alá. A jelenlegi szezonban többször hátráltatták különböző sérülések, november 11. óta nem lépett pályára.
A 35 éves Európa-bajnok játékos így szabadon igazolható, játékjoga ingyen szerezhető meg. Pepe 52 tétmeccsen lépett pályára a Besiktasban. Hét gólt szerzett, három asszisztot jegyzett.