A Hajdukot 1911. február 13-án alapították meg egyetemi hallgatók, és a klub centenáriumi ünnepségsorozatát a Slavia Praha elleni mérkőzés nyitotta.
Egy évszázados fennállása során a Hajduk hat horvát és kilenc jugoszláv bajnoki címet hódított el öt horvát és kilenc jugoszláv kupasiker mellett.