A csoportokból az első három helyezett jutott tovább, hozzájuk csatlakozik a Bajnokok Ligája csoportjaiban a harmadik helyen végző nyolc együttes (Bordeaux, Werder Bremen, Sahtar Doneck, Marseille, Aalborg, Fiorentina, Dinamo Kijev, Zenit).
A-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Manchester City (angol) | 4 | 2 | 1 | 1 | 6–5 | +1 | 7 |
| 2. Twente (holland) | 4 | 2 | 0 | 2 | 5–8 | -3 | 6 |
| 3. PSG (francia) | 4 | 1 | 2 | 1 | 7–5 | +2 | 5 |
| 4. Racing Santander (spanyol) | 4 | 1 | 2 | 1 | 6–5 | +1 | 5 |
| 5. Schalke 04 (német) | 4 | 1 | 1 | 2 | 5–6 | -1 | 4 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Twente–Racing Santander1–0 (Denneboom 7.) |
| Schalke–Paris Saint-Germain 3–1 (Mabiala 12. – öngól, Kuranyi 39., H. Altintop 70., ill. Chantome 92.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Racing Santander–Schalke 1–1 (Tchité 57., ill. Engelaar 61.) |
| Manchester City–Twente 3–2 (S. Wright-Phillips 2., Robinho 57., Benjani 62., ill. Elia 16., Wielaert 65.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| PSG–Racing 2–2 (Kezsman 5., Luyindula 32., ill. Traoré 40. – öngól, Colsa 55.) |
| Schalke 04–Manchester City 0–2 (Benjani 32., Ireland 67.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Manchester City (angol)–Paris SG (francia) 0–0 |
| Twente (holland)–Schalke (német) 2–1 (Wielaert 3., Perez 55., ill. Asamoah 77.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| PSG (francia)–Twente (holland) 4–0 (Luyindula 11., 85., Sessegnon 22., Kezsman 84.) |
| Racing (spanyol)–Manchester City (angol) 3–1 (Pereira 18., Serrano 30., Esprín 55., ill. Caicedo 90.) |
A-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Manchester City (angol) | 4 | 2 | 1 | 1 | 6–5 | +1 | 7 |
| 2. Twente (holland) | 4 | 2 | 0 | 2 | 5–8 | -3 | 6 |
| 3. PSG (francia) | 4 | 1 | 2 | 1 | 7–5 | +2 | 5 |
| 4. Racing Santander (spanyol) | 4 | 1 | 2 | 1 | 6–5 | +1 | 5 |
| 5. Schalke 04 (német) | 4 | 1 | 1 | 2 | 5–6 | -1 | 4 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Twente–Racing Santander1–0 (Denneboom 7.) |
| Schalke–Paris Saint-Germain 3–1 (Mabiala 12. – öngól, Kuranyi 39., H. Altintop 70., ill. Chantome 92.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Racing Santander–Schalke 1–1 (Tchité 57., ill. Engelaar 61.) |
| Manchester City–Twente 3–2 (S. Wright-Phillips 2., Robinho 57., Benjani 62., ill. Elia 16., Wielaert 65.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| PSG–Racing 2–2 (Kezsman 5., Luyindula 32., ill. Traoré 40. – öngól, Colsa 55.) |
| Schalke 04–Manchester City 0–2 (Benjani 32., Ireland 67.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Manchester City (angol)–Paris SG (francia) 0–0 |
| Twente (holland)–Schalke (német) 2–1 (Wielaert 3., Perez 55., ill. Asamoah 77.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| PSG (francia)–Twente (holland) 4–0 (Luyindula 11., 85., Sessegnon 22., Kezsman 84.) |
| Racing (spanyol)–Manchester City (angol) 3–1 (Pereira 18., Serrano 30., Esprín 55., ill. Caicedo 90.) |
B-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Metaliszt Harkiv (ukrán) | 4 | 3 | 1 | 0 | 3–0 | +3 | 10 |
| 2. Galatasaray (török) | 4 | 3 | 0 | 1 | 4–1 | +3 | 9 |
| 3. Olympiakosz (görög) | 4 | 2 | 0 | 2 | 9–3 | +6 | 6 |
| 4. Hertha BSC (német) | 4 | 0 | 2 | 2 | 1–6 | -5 | 2 |
| 5. Benfica (portugál) | 4 | 0 | 1 | 3 | 2–9 | -7 | 1 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Hertha–Benfica 1–1 (Pantelics 74., ill. Di Maria 51.) |
| Galatasaray–Olympiakosz Pireusz 1–0 (Kewell 25.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Benfica–Galatasaray 0–2 (Emre Asik 51., Ümit Karan 69.) |
| Metaliszt–Hertha 0–0 |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Olympiakosz–Benfica 5–1 (Galletti 1., Pacacoglu 17., Santo 24., 53., Belluschi 44., ill. David Luiz 33.) |
| Galatasaray–Metaliszt 0–1 (Edmar 81.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Hertha (német)–Galatasaray (török) 0–1 (Baros 69. – 11-esből) |
| Metaliszt (ukrán)–Olympiakosz (görög) 1–0 (Edmar 87.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Olympiakosz (görög)–Hertha (német) 4–0 (Cearense 54., Galletti 68. – tizenegyesből, Toroszidisz 86., Diogo 89.) |
| Benfica (portugál)–Metaliszt (ukrán) 0–1 (Rikun 85.) |
C-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Standard Liége (belga) | 4 | 3 | 0 | 1 | 5–3 | +2 | 9 |
| 2. VfB Stuttgart (német) | 4 | 2 | 1 | 1 | 6–3 | +3 | 7 |
| 3. Sampdoria (olasz) | 4 | 2 | 1 | 1 | 4–5 | -1 | 7 |
| 4. Sevilla (spanyol) | 4 | 2 | 0 | 2 | 5–2 | +3 | 6 |
| 5. Partizan (szerb) | 4 | 0 | 0 | 4 | 1–8 | -7 | 0 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Sevilla–VfB Stuttgart 2–0 (Romaric 15., Renato 16.) |
| Partizan Beograd–Sampdoria 1–2 (Lamina 34., ill. Bonazzoli 20., Dessena 55.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| VfB Stuttgart–Partizan 2–0 (Gomez 77., 80.) |
| Standard–Sevilla 1–0 (Mbokani 38.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Sampdoria–VfB Stuttgart 1–1 (Sammarco 39., ill. Marica 8.) |
| Partizan–Standard 0–1 (De Camargo 36.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Sevilla (spanyol)–Partizan Beograd (szerb) 3–0 (Luís Fabiano 32., 73. – az elsőt 11-esből, Renato 46.) |
| Standard Liege (belga)–Sampdoria (olasz) 3–0 (De Camargo 23., Onyewu 35., Jovanovics 43.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Sampdoria (olasz)–Sevilla (spanyol) 1–0 (Bottinelli 75.) |
| Stuttgart (német)–Standard (belga) 3–0 (Khedira 5., Hilbert 49., Marica 72.) |
D-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Udinese (olasz) | 4 | 3 | 0 | 1 | 6–4 | +2 | 9 |
| 2. Tottenham Hotspur (angol) | 4 | 2 | 1 | 1 | 7–4 | +3 | 7 |
| 3. NEC (holland) | 4 | 2 | 0 | 2 | 6–5 | +1 | 6 |
| 4. Szpartak Moszkva (orosz) | 4 | 1 | 1 | 2 | 5–6 | -1 | 4 |
| 5. Dinamo Zagreb (horvát) | 4 | 1 | 0 | 3 | 4–9 | -5 | 3 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Udinese–Tottenham Hotspur 2–0 (Di Natale 24. – tizenegyesből, Pepe 86.) |
| Dinamo Zagreb–NEC 3–2 (Mandzukic 3., Balaban 81., Vrdoljak 84., ill. Carlos 24. – öngól, Janssen 78.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Tottenham–Dinamo Zagreb 4–0 (Bent 30., 33., 70., Huddlestone 59.) |
| Szpartak Moszkva–Udinese 1–2 (Rodríguez 17., ill. Quagliarella 12., 60.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| NEC–Tottenham 0–1 (O’Hara 14.) |
| Dinamo Zagreb–Szpartak Moszkva 0–1 (Szaenko 75.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Szpartak Moszkva–NEC 1–2 (Covalciuc 2., ill. Van Beukerin 84., Schöne 87.) |
| Udinese–Dinamo Zagreb 2–1 (Quagliarella 5., Obodo 79., ill. Biscan 93.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| NEC Nijemegen–Udinese 2–0 (John 75., van Beukering 78.) |
| Tottenham–Szpartak Moszkva 2–2 (Modric 67., Huddlestone 74, ill. Dzjuba 23., 33.) |
E-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. VfL Wolfsburg (német) | 4 | 3 | 1 | 0 | 13–7 | +6 | 10 |
| 2. AC Milan (olasz) | 4 | 2 | 2 | 0 | 8–5 | +3 | 8 |
| 3. Braga (portugál) | 4 | 2 | 0 | 2 | 7–5 | +2 | 6 |
| 4. Portsmouth (angol) | 4 | 1 | 1 | 2 | 7–8 | -1 | 4 |
| 5. Heerenveen (holland) | 4 | 0 | 0 | 4 | 3–13 | -10 | 0 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Heerenveen–Milan 1–3 (Pranjic 86. – 11-esből, ill. Jong-A-Pin 19. – öngól, Gattuso 23., Inzaghi 69.) |
| Braga–Portsmouth 3–0 (Aguiar 8., Cuesta 46., Alan 87.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| AC Milan–Braga 1–0 (Ronaldinho 90+3.) |
| Wolfsburg–Heerenveen 5–1 (Dzeko 34., 61., Grafite 39., Misimovics 53., Krzynowek 71., ill. Väyrynen 31.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Portsmouth–AC Milan 2–2 (Kabul 62., Kanu 73., ill. Ronaldinho 84., Inzaghi 92.) |
| Braga–Wolfsburg 2–3 (Barzagli 6. – öngól, Meyong 49., ill. Dzeko 24., Misimovic 83., 94. az elsőt – 11-esből) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Wolfsburg–Portsmouth 3–2 (Dzeko 3., Gentner 23., Misimovics 74., ill. defoe 11., Mvuemba 14.) |
| Heerenveen–Braga (portugál) 1–2 (Sibon 19., ill. Cuesta 35., Aguiar 56.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Portsmouth–Heerenveen 3–0 (Crouch 40., 42., Hreidarsson 90.) |
| AC Milan–Wolfsburg 2–2 (Ambrosini 17, Pato 56., ill. Zaccardo 56., Saglik 81.) |
F-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Hamburg (német) | 4 | 3 | 0 | 1 | 7–3 | +4 | 9 |
| 2. Ajax (holland) | 4 | 2 | 1 | 1 | 5–4 | +1 | 7 |
| 3. Aston Villa (angol) | 4 | 2 | 0 | 2 | 5–6 | -1 | 6 |
| 4. Zilina (szlovák) | 4 | 1 | 1 | 2 | 3–4 | -1 | 4 |
| 5. Slavia Praha (cseh) | 4 | 0 | 2 | 2 | 2–5 | -3 | 2 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Aston Villa–Ajax Amsterdam 2–1 (Laursen 8., Barry 45., ill. Vermaelen 22.) |
| Zilina–Hamburg 1–2 (Rilke 69., ill. Petric 15, Olic 45+1.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Ajax–Zilina 1–0 (L. Suárez 41.) |
| Slavia Praha–Aston Villa 0–1 (Carew 26.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Hamburg–Ajax 0–1 (Leonardo 77.) |
| Zilina–Slavia Praha 0–0 |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Slavia Praha–Hamburg 0–2 (Olic 30., Petric 90. – tizenegyesből) |
| Aston Villa–Zilina 1–2 (Delfouneso 28., ill. Leitner 15., Styvar 19.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Hamburg–Aston Villa 3–1 (Petric 18., Olic 30., 57. ill. Delfouneso 82.) |
| Ajax–Slavia Praha 2–2 (Vertonghen 4., Suarez 90. – tizenegyesből ill. Cerny 12. Krajcik 30.) |
G-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. Saint-Étienne (francia) | 4 | 2 | 2 | 0 | 9–4 | +5 | 8 |
| 2. Valencia (spanyol) | 4 | 1 | 3 | 0 | 8–4 | +4 | 6 |
| 3. FC Köbenhavn (dán) | 4 | 1 | 2 | 1 | 4–5 | -1 | 5 |
| 4. Club Brugge (belga) | 4 | 0 | 3 | 1 | 2–3 | -1 | 3 |
| 5. Rosenborg (norvég) | 4 | 0 | 2 | 2 | 1–8 | -7 | 2 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| FC Köbenhavn–St.-Étienne 1–3 (Santin 59. – büntetőből, ill Gomis 2., Perrin 37., Payet 65.) |
| Rosenborg–Club Brugge 0–0 |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| St.-Étienne–Rosenborg 3–0 (Ilan 59., Paulo Machado 63., Mirallas 76.) |
| Valencia–Köbenhavn 1–1 (Morientes 61., ill. Santin 85.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Club Brugge–St.-Étienne 1–1 (Vargas 49., ill Gigliotti 44.) |
| Rosenborg–Valencia 0–4 (Mata 21., Hernández 76., Baraja 87., Joaquín 90.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Valencia–FC Bruges 1–1 (Zsigics, 60., ill. Alcaraz 19.) |
| Köbenhavn–Rosenborg 1–1 (Antonsson 85., ill. Iversen 33.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Club Brugge–Köbenhavn 0–1 (Santin 58.) |
| St.-Étienne–Valencia 2–2 (Ilan 29., 43. ill. Morientes 32., Zigics 68.) |
H-CSOPORT
A VÉGEREDMÉNY | 1. CSZKA Moszkva (orosz) | 4 | 4 | 0 | 0 | 12–5 | +7 | 12 |
| 2. Deportivo La Coruna (spanyol) | 4 | 2 | 1 | 1 | 5–4 | +1 | 7 |
| 3. Lech Poznan (lengyel) | 4 | 1 | 2 | 1 | 5–5 | 0 | 5 |
| 4. Nancy (francia) | 4 | 1 | 1 | 2 | 8–7 | +1 | 4 |
| 5. Feyenoord (holland) | 4 | 0 | 0 | 4 | 1–10 | -9 | 0 |
A CSOPORT MENETRENDJE | 1. FORDULÓ (2008 október 23.) |
| Nancy–Feyenoord 3–0 (Zerka 47., Feret 53., Helder 84.) |
| CSZKA Moszkva–Deportivo la Coruna 3–0 (Dzagojev 9., 12., Vagner Love 61.) |
| 2. FORDULÓ (2008 november 6.) |
| Feyenoord–CSZKA Moszkva 1–3 (Van Bronckhorst 29., ill. V. Berezuckij 14., Vágner Love 40., 81.) |
| Lech Poznan–Nancy 2–2 (Peszko 5., Stilic 22., ill. Malonga 10., Zerka 81.) |
| 3. FORDULÓ (2008 november 27.) |
| Deportivo–Feyenoord 3–0 (Lopo 30., Hofland 50. – öngól, Guardado 51.) |
| CSZKA Moszkva–Lech Poznan 2–1 (Dzagojev 31., Zsirkov 45+1., ill., Stilic 66.) |
| 4. FORDULÓ (2008 december 3-4.) |
| Lech Poznan –Deportivo 1–1 (Rengifo 42., ill Colotto 2.) |
| Nancy–CSZKA Moszkva 3–4 (Zerka 5. Feret 72., Camerling 79. ill. Vágner Love 23., 62., 88., Ramón 33.) |
| 5. FORDULÓ (2008 december 17-18.) |
| Deportivo–Nancy 1–0 (Bodipo 74.) |
| Feyenoord–Lech Poznan 0–1 (Djurdjević 26.) |
