Az argentin szakember aktív labdarúgó-pályafutását egy sérülés miatt 23 éves korában hagyta abba, ami után edzői karrierjét kezdte el építeni.
2008-ban a Lanús vezetőedzője lett, 27 évesen minden idők legfiatalabb szakembere volt az argentin bajnokságban. A jelenleg 30 éves Zubeldía most a spanyol másodosztályban bizonyíthat.