A 30 esztendős labdarúgó 2002 nyarán érkezett Milánóba, 2003-ban a vörös-feketékkel Bajnokok Ligáját és Európai Szuperkupát nyert, a következő évben pedig olasz bajnok és kupagyőztes volt.
Seedorf az egyetlen futballista a világon, aki három különböző együttessel is csúcsra ért a klubcsapatok legrangosabb sorozatában: mielőtt az AC Milannal BL-t nyert volna, először 1995-ben a holland Ajaxszal, majd 1998-ban a spanyol királyi gárdával, a Real Madriddal gyűjtött be Bajnokok Ligája-elsőséget.
A holland kiválóság ebben a szezonban 19 mérkőzést játszott, s 5 gólt szerzett a Serie A-ban úgy, hogy 15 alkalommal volt kezdő Carlo Ancelotti gárdájában.