A főképp középen, de szükség esetén bal oldalon is bevethető védő a francia Wasquehalban kezdte pályafutását, majd hét lille-i szezon után 2002 nyarán került az angol Arsenalhoz, amellyel 2004-ben bajnoki címet, kétszer pedig FA-kupát (2002–03, 2004–05) nyert, de sohasem tudott igazán alapemberré válni.
Cygan 2006 nyarán került Spanyolországba, a Villarrealnál eltöltött három szezon után pedig a legutóbbi két idényben már a másodosztályú Cartagenát erősítette.
A rutinos játékos fáradtsággal indokolta visszavonulását, és a jövőben edzőként szeretne elhelyezkedni.