Kun tehetségét és futball iránti szenvedélyét egy helyi kiscsapat és édesapja korábbi edzője, Eduardo Gonzalez fedezte fel elsőként, enyhe apai ráhatással.
„Leonel (az apa – a szerk.) folyton csak a fiáról beszélt. Mikor nyolc éves lett, elmentem megnézni. Első perctől tudtam, hogy kivételes tehetség. Szó szerint táncolt a labdával, a többiek csak nézték" - mesélte a ma már 70 éves mester a The Sun riportjában.
Agüero kilenc éves korában került az Independiente U11-es csapatához, 15 évesen és 35 naposan pedig bemutatkozott a felnőttek között, ezzel az argentin bajnokság legfiatalabb játékosa lett, átadva a múltnak későbbi apósa, Diego Maradona által felállított rekordot.
A debütálás nagy napjáig vezető út persze nem volt zökkenőmentes. Agüero szülei alkalmanként helyi csapatokban játszatták tehetséges gyermeküket, meccsenként körülbelül 10-12 ezer forintért cserébe, de a legnagyobb veszélyforrás a környezte volt, melyben kénytelen volt felnőni. Szüleivel, öt testvérével és unokatestvéreivel olyan szegénységben éltek, hogy kunyhójukban mellékhelyiség sem volt, édesapja bűnözők és drogfüggők társáságában élte életét, Agüerót hetente csak egyszer engedték edzésre, a hét többi napján környékbeli csapatoknál futballozott pénzért, így segítette családja anyagi helyzetét.
Mikor már nem volt más választás, Aguero jövőjének érdekében első edzője egy üzletember közreműködésével kiköltöztette a családot a nyomornegyedből és házat vásároltak nekik a közeli Quilmes városában, apjának pedig munkát szereztek.
2001-ben a Boca Juniors 200.000 eurót ajánlott az Independientében serdülő Agüeróért, de nem engedték el az akkor 13 éves játékost. Egy évvel később már 200 gólt számlált a korosztályos bajnokságokban, ekkor már a Juventus és a Bayern München is figyelte, sőt, 1.3 millió euróért cserébe le is igazolták volna a hatalmas tehetséget. Agüero kitartott az Independiente mellett, majd 15 évesen, Oscar Ruggeri kezei alatt bemutatkozott a felnőttek között és aláírta első profi szerződését is.
Két évvel később, a spanyol Atletico Madrid már mélyebben a zsebébe nyúlt, 18 millió euró ellenében csábították Európába Kunt, a történet innentől kezdve pedig pontosan ismert. A madridi csapattól a Manchester City vásárolta meg 2011-ben, 2012 májusában pedig minden érte kifizetett centet meghálált: a Premier League utolsó fordulójában a City Agüero 94. percben szerzett góljának köszönhetően legyőzte a QPR csapatát és 44 hosszú év után újra angol bajnoki címet ünnepelhetett.