A hivatalos indoklás szerint a klubvezetők és Nilsson másképp képzelték el a csapat jövőjét, ez a konfliktus állt a szerződésbontás hátterében.
A vezetőség korántsem volt elégedett a Köbenhavn szereplésével: az FCK a 2010–2011-es szezonban még nyolcaddöntőbe jutott a Bajnokok Ligájában, Nilssonnal viszont már a csoportkör sem jött össze, majd a csapat az Európa-ligából is kiesett. A Köbenhavn hazai fronton megfelelően szerepel, négy ponttal vezeti a dán bajnokságot a Nordsjaelland előtt.
Nilsson utódja a sportigazgató Carsten V. Jensen lesz, aki jelenlegi posztját is megtartja.