Az Anzsit Gadzsi Gadzsijev menesztése óta megbízottként Roberto Carlos irányítja. Günes a legképzettebb török edzők egyike, legnagyobb sikere, hogy a 2002-es világbajnokságon bronzéremig vezette hazája nemzeti csapatát – ekkor az UEFA az Év Edzőjének is megválasztotta. 2009 óta a Trabzonsport irányítja (immár negyedszer pályafutása során), de kipróbálta magát már külföldön is: két szezont töltött az FC Szöulnál.