| Budapest Honvéd–Fenerbahce (török) 1–1 |
| Továbbjutott: a Fenerbahce, 6–2-es összesítéssel |
| Krilja Szovjetov (orosz)–St. Patrick’s (ír) 3–2 |
| Tj: 3–3-s összesítéssel, idegenben lőtt góllal a St. Patrick’s |
| FK Karabah (azeri)–Honka (finn) 2–1 | |
| Tj.: 3–1-es összesítéssel a Karabah |
| Kosice (szlovák)–Slavija (bosnyák) 3–1 |
| Tj.: 5–1-es összesítéssel a Kosice |
| Cserno More (bolgár)–PSV (holland) 0–1 |
| Tj.: a PSV, 2–0-s összesítéssel |
| Liberec (cseh)–Vaduz (liechtensteini) 2–0 |
| Tj.: a Liberec, 3–0-s összesítéssel |
| Lech Poznan (lengyel)–Fredrikstad (norvég) 1–2 |
| Tj.: a Poznan, 7–3-as összesítéssel |
| Lahti (finn)–FC Bruges (belga) 1–1 |
| Tj.: a Bruges, 4–3-as összesítéssel |
| Hapoel Tel-Aviv (izrael)–Göteborg (svéd) 1–1 |
| Tj.: a Hapoel, 4–2-es összesítéssel |
| Lille (francia)–Szevojno (szerb) 2–0 |
| Tj.: a Lille, 4–0-s összesítéssel |
| Slaven Belupo (horvát)–Tromsö (norvég) 0–2 |
| Tj.: a Tromsö, 4–1-s összesítéssel |
| Austria Wien (osztrák)–Vojvodina (szerb) 4–2 |
| Tj.: az Austria, 5–3-as összesítéssel |
| Sturm Graz (osztrák)–Petrovac (montenegrói) 5–0 |
| Tj.: a Sturm, 7–1-es összesítéssel |
| Basel (svájci)–KR (izlandi) 3–1 |
| Tj.: a Basel, 5–3-as összesítéssel |
| Young Boys (svájci)–Athletic Bilbao (spanyol) 1–2 |
| Tj.: a Bilbao, 2–2-es összesítéssel, idegenben lőtt több góllal |
| Derry City (ír)–CSZKA (bolgár) 1–1 |
| Tj.: a CSZKA, 2–1-es összesítéssel |
| Elfsborg (svéd)–Braga (portugál) 2–0 |
| Tj.: az Elfsborg, 4–1-es összesítéssel |
| Galatasaray (török)–Maccabi Netanya (izraeli) 6–0 |
| Tj.: a Galatasaray, 10–1-es összesítéssel |
| Legia Warszawa (lengyel)–Bröndby (dán) 2–2 |
| Tj.: a Bröndby, 3–3-as összesítéssel, több idegenben lőtt góllal |
| Metaliszt (ukrán)–Rijeka (horvát) 2–0 |
| Tj.: a Metaliszt, 4–1-es összesítéssel |
| NAC (holland)–Polonia Warszawa (lengyel) 3–1 |
| Tj.: a NAC, 4–1-es összesítéssel |
| NK Ljubljana (szlovén)–Metalurg Doneck (ukrán) 0–3 |
| Tj.: a Doneck, 5–0-s összesítéssel |
| Olomouc (cseh)–Aberdeen (skót) 3–0 |
| Tj.: az Olomouc, 8–1-es összesítéssel |
| Odense (dán)–Rabotnicski (macedón) 3–0 |
| Tj.: az Odense, 7–3-as összesítéssel |
| APOP (ciprusi)–Rapid Wien (osztrák) 2–2 – h. u. |
| Tj.: a Rapid, 4–3-as összesítéssel |
| Gent (belga)–Roma (olasz) 1–7 |
| Tj.: a Roma, 10–2-es összesítéssel |
| Hamburg (német)–Randers (dán) 0–1 |
| Tj.: a Hamburg, 4–1-es összesítéssel |
| Szarajevo (bosnyák)–Helsingborg (svéd) 2–1 (5–4, tizenegyesekkel) |
| Tj.: a Szarajevo, 3–3-as összesítéssel, tizenegyesrúgások után |
| Motherwell (skót)–Steaua Bucuresti (román) 1–3 |
| Tj.: a Steaua, 6–1-es összesítéssel |
| PAOK (görög)–Valerenga (norvég) 0–1 |
| Tj.: a PAOK, 2–2-es összesítéssel, idegenben lőtt több góllal |
| Crvena zvezda (szerb)–Dinamo Tbiliszi (grúz) 5–2 |
| Tj.: a Crvena zvezda, 5–4-es összesítéssel |
| Fulham (angol)–Vetra (litván) 3–0 |
| Tj.: a Fulham, 6–0-s összesítéssel |
| Hajduk (horvát)–Zilina (szlovák) 0–1 |
| Tj.: a Zilina, 2–1-es összesítéssel |
