A 41 éves Karpint 2008 augusztusában nevezték ki általános igazgatónak, majd 2009 áprilisában – összekötve a két munkakört – vezetőedzőnek is.
Karpin irányítása alatt a Szpartak 2009-ben második, egy évvel később pedig negyedik helyezést ért el az orosz élvonalbeli bajnokságban (Premjer Liga), majd ősszel harmadik lett a Bajnokok Ligája csoportjában, így bejutott az Európa-liga tavaszi, egyenes kiesés szakaszába, ahol az FC Basellel találkozik.