Theissen 1999-ben Gerhard Bergerrel együtt állt a BMW sportprogramja élére, az F1-es projekt vezetéséből Berger a kapcsolatrendszere révén, Theissen szakmai téren vette ki a részét. A Williamstől való különválás után a BMW-csapat 2008-ig évről évre fejlődött, de a 2009-es kudarcot nem tudta lenyelni a gyár vezetősége, és megbukott a projekt.
A BMW belátható időn belül nem tér vissza az F1-be, a következő kihívása a német túraautó-bajnokságban való szereplés. A gyár 2012-ben tér vissza a DTM-be, ezt a programot már a Toyotánál egy évtizedet töltő Marquardt felügyeli.