Hyypiä visszavonulása után edzőként folytatja, ő lesz az egyik segítője a finn válogatott szövetségi kapitányának, Mika-Matti Paatelainennek. Edzői gyakornokoskodása során volt csapatánál, a Liverpoolnál is eltölt egy „inasidőszakot”, majd 2012-től a Leverkusen edzői stábjának is tagja lesz.
Hyypiä utódja a Leverkusennél a pályán Ömer Toprak, a Freiburg 21 éves védője lesz – a fiatal játékos ötéves szerződést kötött a gyógyszergyáriakkal.
A visszavonuló finn védő karrierje során a MyPa, a Willem II és a Liverpool együttesében játszott a Leverkusen előtt, a nemzeti mezt 105 alkalommal ölthette magára. Ő minden idők legtöbb európai kupamérkőzésen szereplő finn labdarúgója, 110 mérkőzéssel.
Bajnokok Ligája-győztes, UEFA-kupa-győztes, angol FA-kupa-győztes, angol Ligakupa-győztes, európai Szuperkupa-győztes, Finn Kupagyőztes – viszont soha, egyetlen csapatával sem szerzett bajnoki aranyérmet. Kilenc alkalommal választották meg Finnországban az év labdarúgójának 1999 és 2010 között.
A Dortmund megnyerte a rangadót Leverkusenben
