A Chivas felnőttcsapatában már 2006-ban bemutatkozhatott, ám a 2006–2007-es és a 2007–2008-as szezonban csak egy gólt tudott felmutatni.
A 2009-es év elején így a Chivas tartalékcsapatában találta magát (amely a mexikói másodosztályban szerepelt), és közel állt ahhoz, hogy inkább egyetemi tanulmányait helyezze előtérbe (a gazdasági ismeretekről szóló órákat állítólag nagyon élvezte). Édesapjának, az 1986-os vb-t is megjárt idősebb Javier Hernándeznek azonban sikerült rábeszélnie fiát, hogy teljes erejével a futballra összpontosítson, ennek pedig meg is lett az eredménye.
„Bizonytalan volt azt illetően, hogy egyáltalán alkalmas-e az első osztályra. Mondtuk neki, hogy legyen türelmes, de fiatal játékosként éppen az ellenkezője volt rá igaz" – emlékezett vissza az apuka.
Chicharito pályafutásának megmentésében a nagyapa, Tomás Balcázar – aki szintén a válogatottságig vitte, az 1954-es vb-n Franciaországnak gólt is rúgott – is szerepet játszott. Az öreg aztán bő egy évvel később a televízióból értesült unokája Manchesterbe szerződéséről:
„Megvicceltek. Javier és az apja azt mondta nekünk, hogy nyaralni mennek Atlantába. Másnap aztán telefonáltak, hogy kapcsoljuk be a tévét, érdekes dolgot látunk majd. Először a fiú arcát láttuk, majd feltűnt a Manchester United címere. Egyszerűen nem hittük el."
Azóta kiderült, hogy Sir Alex Ferguson jó üzletet csinált a 22 éves mexikói támadó megvételével. Chicharito a „vörös ördögök" színeiben betalált már az angol Szuperkupában, a Premier League-ben, a Ligakupában és a Bajnokok Ligájában is.
