A kellemes Adriai-tenger-parti tekerést követően többen is feladták a versenyt, a gyors lábú emberek „lemondtak” a kemény hegyi szakaszokról, így Cavendish, Petacchi, Hondo, Renshaw, Belletti és Ventoso sem vágott neki a 13. etapnak, amely 167 km után Ausztria legmagasabb hegyén, a Grossglockneren ért véget. A csúcsra nem kellett feltekernie a mezőnynek, ám a 2137 méteres befutó így is keménynek bizonyult, főleg, hogy az esős időjárás sem fogadta kegyeibe a versenyzőket.
Contadornak remek alkalom volt ez előnye növelésére, ami sikerült is neki. Mintegy 8.5 kilométerrel a vége előtt robbantott, és csak a venezuelai Rujano tudta tartani vele a lépést. Jutalma szakaszgyőzelem lett, Contador ugyanis tökéletesen megelégedett azzal, hogy riválisaira több mint másfél percet vert, az összetettben második helyen álló Nibali is már 3 percen kívül van hozzá viszonyítva. A spanyol kiválóság a pontversenyben és a hegyi trikóért folyó versengésben is az élre állt, a legjobb fiatal továbbra is a cseh Roman Kreuziger.
| 13. SZAKASZ, SPILIMBERGO-GROSSGLOCKNER, 167 KM | |
| 1. José Rujano (venezuelai, Androni Giocattoli) 4:45:54 ó | |
| 2. Alberto Contador (spanyol, Saxo Bank) | azonos idővel |
| 3. John Gadret (francia, AG2R) | 1:27 p hátrány |
| AZ ÖSSZETETT ÁLLÁSA | |
| 1. Contador | (spanyol, Saxo Bank) |
| 2. Nibali | (olasz, Liquigas) +3:09 |
| 3. Scarponi | (olasz, Lampre) +3:16 |
| 4. Arroyo | (spanyol, Team Movistar) +3:25 |
| 5. Kreuziger | (cseh, Astana) +3:29 |
| 6. Szivcov | (fehérorosz, HTC) +3:53 |
| 7. Antón | (spanyol, spanyol) +4:02 |
| 8. Gadret | (francia, Ag2r) +4:06 |
| 9. Carrara | (olasz, Vacansoleil) +4:35 |
| 10. Dupont | (francia, Ag2r) +4:38 |
