Mint ismert, a 29 éves középpályás a bajoroknál nevelkedett, ám azt követően, hogy 2007 nyarán felkerült a felnőttcsapathoz, nem sokat játszott, a Bayern München pedig 2009 januárjában kölcsönadta a Bayer Leverkusennek.
Toni Kroos másfél idényt követően visszatért a Bayernhez, amellyel 2010-ben szerződést hosszabbított, ám mint elárulta, ezt nem sokkal később már bánta, elmondása szerint ugyanis sokáig úgy érezte, hogy a gárdánál nem becsülik meg eléggé.
„Állandóan azt mondogatták nekem, hogy milyen nagyszerű vagyok és mindent jól csinálok, de továbbra sem játszottam. Meg voltam győződve arról, hogy többet érdemlek” – mondta el Kroos őszintén a róla készülő dokumentumfilmben.
„Eredetileg egyáltalán nem akartam visszatérni a Leverkusentől, úgyhogy amikor szerződést hosszabbítottam a Bayern Münchennel, tíz perc múlva már bántam. Ráadásul amikor aláírtam a megállapodást, Karl-Heinz Rummenigge azt mondta nekem, »Wow, most már nagyszerű szerződésed van«, ez pedig olyan volt számomra, mintha arra célzott volna, hogy »Ezek után egy kicsit jobban is kell játszanod«.”
Kroos végül a 2012–2013-as évadban felért a csúcsra, s triplázott a Bayern Münchennel – akkor már ő volt a bajorok egyik legfontosabb láncszeme. A középpályás 2014 nyarán hagyta ott a német csapatot, s a Real Madridhoz igazolt.
