Gabriel Milito több térdsérüléssel és -műtéttel a háta mögött 2011 nyarán tért vissza Barcelonából nevelőklubjába, az Independientéhez.
Az argentin bajnokság utolsó két fordulójában – a San Lorenzo és a Tigre ellen – tervei szerint még pályára lépne az Internazionalét erősítő Diego Milito öccse, aki az argentin válogatottal részt vett a 2006-os németországi világbajnokságon is.
Hazájában az Independientével 2002-ben megnyerte az apurterát, a Zaragozával 2004-ben Király-kupa- és spanyol Szuperkupa-győzelmet ünnepelhetett. Legnagyobb sikereit a Barcelonával érte el, amelyben 2007 és 2011 szerepelt, de sérülései miatt csak 48 bajnokin lépett pályára. A katalánok játékosaként kétszer nyerte meg a Bajnokok Ligáját és a spanyol Szuperkupát, háromszor a bajnokságot, és egyszer-egyszer az Európai Szuperkupát, a klubvilágbajnoki trófeát és a Király-kupát is elhódította.
